呼格吉勒图被定罪的唯一依据是“呼格吉勒图当时指缝余留血样与被害人咽喉处被掐破处的血样是完全吻合”。据《新京报》刊登在1996年4月20日的当地晚报：“为了证实呼格吉勒图交代的真实性，由分局刑警队技术室对他的指缝污垢采样，进行理化检验。市公安局技术室和内蒙古公安厅进行了严格的科学的鉴定。最后证明呼格吉勒图指缝余留血样与被害人咽喉处被掐破处的血样是完全吻合的。杀人罪犯就是呼格吉勒图。”但是，根据看过卷宗的知情人回忆，当年检测的是“呼格吉勒图指甲缝里的皮屑”，这个皮屑的血型与死者一致，都是O型。李三仁也辗转打听到了这个说法，因为他的血型也是O型，所以他相信儿子的血型应该跟他一样。可问题是尚爱云的血型是AB型，从概率上说，呼格吉勒图的血型有了各种可能，而且他们没有任何能证明儿子血型的证据。
可即便如此，血型检测也只属于同类认定，并不像DNA证据那样，是同一认定。换句话说，就算指缝里的血型与呼格吉勒图不同，而又与死者一致，从法律上讲，还是不能证明呼格吉勒图就是凶手。令人生疑的还有尸检结果，查阅过部分卷宗的杨承勋记得，尸检报告里只说明死因是窒息，没有指纹检测，也没有任何与强奸相关的分泌物或毛发检测。案发后，办案单位呼市公安局新城分局刑侦人员就已经在女尸的阴道内提取了分泌物(作案人的精液)，按照最基本的刑侦破案规则要求，这种分泌物是应该、也是必须进行技术化验和分析的。遗憾的是，这个最有力的证据被时任办案领导“遗忘”了。这存在两种可能，一种是死者生前的确没有受到性侵犯；另一种则是死者生前遭遇的全部伤害，并没能经由她的尸检呈现出来。不管是哪种情况，尸检报告呈现的结果都一样，警方并没有从死者身上提取到任何有效的、能够直接证明凶手是呼格吉勒图的关键证据。
