1990年，九院脱离中国核工业总公司，成立中国工程物理研究院。
1996年，经中央编制委员会办公室批复，在中国核工业总公司军用局的基础上，成立核工业二二一离退休人员管理局。
厘清两个九局、九院与九所
两个九局，全称都叫二机部九局，名字一样。但前九局成立于1958年，后九局成立于1974年；前九局局长李觉，后九局局长赵敬璞；前九局办公地点在花园路，后九局办公地点在三里河二机部大楼；前九局是管理局，北京和青海两个核武器科研生产基地的人财物什么都管；后九局是职能局或称业务局，没有人财物权，只主管九院、二二一厂、九○三厂的科研试验生产工作。
