由于四川基地不具备科研条件，九所的工作人员不得不从1970年1月开始，陆续返回北京花园路工作，从此开始了长达近20年的出差生涯。直到1988年3月，明确九所是九院设在北京的一个研究所，九所人员才结束了出差生涯。
第二个九局和第二个九院
1973年，国务院决定中国人民解放军第九研究院重回二机部建制。九院带着“文革”时期遭受的满身创伤又回到了二机部，并实行院厂分家，四川基地部分称为二机部第九研究院，青海的二二一基地和九○三基地分别叫国营二二一厂和国营九〇三厂。
1973年12月，二机部决定成立九局，归口管理第九研究院、二二一厂和九〇三厂。
1982年，二机部改为核工业部，二机部九局亦改为核工业部军工局，二机部九院改为核工业部九院，二二一厂、九〇三厂名称未变，归属核工业部军工局管理。
1987年6月，国务院办公厅、中央军委办公厅批准撤销核工业部二二一厂的请示报告，二二一厂进入撤厂时间，具体工作由核工业部负责。
1988年3月，核工业部改名中国核工业总公司，核工业部军工局亦改为中国核工业总公司军用局。这时二二一厂已撤销，九〇三厂已并入九院，唯一剩下的九院亦改名为中国核工业总公司第九研究院。
