1959年到1962年，九所充实了必要的工作条件，建立了爆轰试验场（17号工地），科研实验取得重大进展，同时也调整和改进了科研机构的组织形式。
第一个九院和第二个九所
1963年，二二一基地具备了科研、生产、生活的基本条件之后，九局决定九所的研究工作和人员有计划、分阶段地向二二一基地转移。
1964年2月，九局机构全面调整，撤销二机部九局、北京九所和青海二二一基地建制，同时成立二机部第九研究设计院，院机关、理论部和对外协作部门仍设在原北京九所旧址，二二一基地称第九研究设计院221分院，三线新建的基地称为九院312分院。
之前的九局和九所，由此完成了它的历史使命，九院成立，我国的核武器研制和生产进入了新的阶段。
1964年我到九院工作的时候，院里一共有三个公章。一个是二机部第九研究设计院的章，是一个黄铜底座加红色木柄的公章，是最常用到的；另有个国防科委九所的黄铜章，还有一个类似于橡胶质的北京第九研究所的章，后面这两个用得比较少。
1968年，九院划归国防科委，改称中国人民解放军第九研究院。这期间，九院理论部改称九院九所（第二个九所）。
1969年，在国家的部署下，九院机关部分在京人员、九所（理论部）的工作人员及他们的家属等一起乘专列搬到四川基地。1970年前后，二二一基地的大批科研人员、工人及家属也逐步向四川基地转移。
