1.传送信号的方式不同。CTCS-2用的是轨道电路和应答器，而CTCS-3用的是更为先进的GSM-R无线通信系统。
2.信息搜集范围不同。CTCS-2只能控制8公里，而CTCS-3可以达到32公里。
3.高铁上一般有备份的部件。高铁的计算机上一般重复配置系统的一些部件，当某一部件发生故障或损坏的时候，冗余配置的部件便会自动介入并承担故障部件的工作，以减少系统的故障时间。比如在武广高铁的动车上，CPU（中央处理器）就有两个，一个不行了，还能马上启动另一个。
尽管有这些技术上的不同，但是这两个级别在紧急制动方面都是一致的——列车与列车之间有自动闭塞区间，区间距离在10公里以上。如果前方列车停在线路上，后方列车会收到提示减速（黄色）的信号，如果没减速，列车会自动进入红色信号区间，列车自动控制系统启动，列车会自动停车。
但是，CTCS-2和CTCS-3都有出现故障的可能，比如CTCS-3虽然更为先进，还是会出现失去无线连接或者无线信号被干扰这样的问题。去年，武广高铁在株洲也发生过一个真实的案例，在一些地段，无线信号频繁被干扰，最后无线基站设备的生产厂家升级基站设备，问题才得以解决。
机器设备可能会出问题，不会万无一失，但是不管是动车还是高铁，都有最后的一个“人工杀手锏”——响墩。这是一种在铁路上用的黑色信号弹，司机联系不上调度的话，可以跑到车后去，在一定距离的地方放上这个东西，后车从响墩上压过去时，会发出巨大响声，通过响声提醒火车前方有危险，必须停车。据悉，虽然技术进步了，但是这种古老的信号方法并没有被放弃。不过在几次严重的列车事故中，都没见到响墩被运用。
