儿童中最常见的乳糖酶缺乏症随着时间的推移而发展，大约在2岁以后开始，那时儿童的身体开始产生较少的乳糖酶。乳糖酶缺乏症的儿童直到成年青少年或成年人才可能出现乳糖不耐症的症状。
婴儿（1岁以下的新生儿）在出生时很少有乳糖不耐症。但是，早产儿出生后短时间内可能会出现乳糖不耐症。人们有时会将牛奶过敏（可能会引起婴儿腹泻）误认为是乳糖不耐症。
果糖不耐受症
果糖不耐受症是一种在进食或饮用含有果糖，水果，果汁和蜂蜜中的糖的食物或饮料后可能引起腹泻的疾病。果糖作为一种甜味剂（称为高果糖玉米糖浆）被添加到许多食品和软饮料中。果糖吸收不良会导致果糖不耐受。儿童身体可以吸收的果糖量各不相同。儿童吸收果糖的能力随年龄增长而增加。一些孩子随着年龄的增长可能能够忍受更多的果糖。
蔗糖不耐受
蔗糖不耐受是一种在进食含蔗糖（也称为食用糖或白糖）的食物或饮料后可能引起腹泻的疾病。蔗糖吸收不良会导致蔗糖不耐受。蔗糖不耐症的儿童缺乏帮助消化蔗糖的酶。大多数患有蔗糖不耐症的儿童随着年龄的增长更能耐受蔗糖。
炎症性肠病（IBD）
IBD的两种主要类型是克罗恩病和溃疡性结肠炎。这些疾病可影响任何年龄的儿童。但是，它们通常在学年或青春期开始。
小肠细菌过度生长（SIBO）
SIBO是小肠中细菌数量的增加或细菌类型的变化。SIBO通常与克罗恩氏病等损害消化系统的疾病有关。
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