当某种原因使自身免疫耐受性削弱或破坏时，免疫系统就会对自身成分产生免疫应答，这种现象称为自身免疫（autoimmunity）。微弱的自身免疫并不引起机体的病理性损伤，在许多正常人血清中可发现多处微量的自身抗体或致敏淋巴细胞。这种自身免疫现象随着年龄递增而愈加明显，在70％以上的正常老年人血清中可查出自身抗体。这些低度的自身抗体能促进体内衰老残疾细胞的清除，帮助吞噬完成免疫自稳效应，以保持机体生命环境的稳定。健康个体的正常免疫调节功能会将自身耐受和自身免疫协调在一个相辅相成的合理水平上。当某种原因使自身免疫应答过分强烈时，也会导致相应的自身组织器官损伤和功能障碍，这种病理状态就称为自身免疫疾病（autoimmune disease,
AID）。
3. 人体免疫系统对基因治疗说“不”
人体的自身组织细胞的各个成分在胚胎时期都与免疫系统有充分的接触，彼此建立了免疫耐受，免疫系统对自身的组织和细胞不产生免疫应答即免疫损伤。然而基因治疗时，相对于患者来说就是导入了外来基因，外来基因会渗透到患者的组织细胞中，表达出该外来基因的产物，该外来基因产物会被免疫系统识别为外来异物，会诱发一系列的免疫疾病。同时该基因产物位于患者的组织细胞中，免疫系统对外来基因产物进行清除时，就会伤及患者自身的组织细胞，产生自身免疫疾病，导致相应的自身组织器官损伤和功能障碍，直至衰竭而亡。
