一直走到11月初，到达鄂陕边界。红军在漫川关打了一场恶仗，突围后要过秦岭，必须再疏散隐蔽一批重伤员。此时秦基伟伤情恶化，首长决定把他安置到一座寺庙养伤，他坚决不从，激昂地说：我当红军就要革命到底。“什么叫革命到底？就是死了算！”“我一不坐担架，二不骑牲口，就是爬也要爬过秦岭去！”首长深受感动，派一名小通信员照顾他。秦基伟右臂吊着绷带，以超人毅力，忍受常人难以忍受的痛苦，两次翻越秦岭，一次翻越大巴山，随军转战1500公里，于12月中旬到达四川北部通江县。
1933年4月，秦基伟任红江县中共县委委员和军事指挥长。他单枪匹马，依靠组织，发动群众，仅半年多就拉起一支2000人的游击队。次年2月，游击队编为红四方面军总部警卫团，秦基伟任团长。后警卫团与红第31军92师274团合并，仍由秦基伟任274团团长。1934年春，张国焘搞“肃反”扩大化，有人无端地检举秦基伟，张国焘亲自审查，虽毫无结果，却撤了他团长的职，调任总部任训练参谋。秦基伟毫不计较职务高低，心想：只要能当红军，干什么都行。半年后，秦基伟问题搞清了，改任补充师师长。1935年3月，红四方面军开始长征。由于张国焘分裂主义错误，秦基伟3次爬雪山，2次过草地，历尽千辛万苦。1936年11月，秦基伟随西路军在河西走廊，以少敌众，同国民党西北“剿匪”第2防区司令马步芳部血战临泽城。几经恶战，西路军归于失败。
秦基伟突围中遭敌俘获，在敌向西安押解途中机智逃脱，终于找到红31军接待站，重新回到红军队伍。
