崇德七年（1642）十月，史书又载皇太极“圣躬违和”，甚至因此大赦天下，以向上天祈求痊愈，可见皇太极病情严重。这时都察院参政祖可法、张存仁、理事官雷兴上奏，建议“一切细务，付部臣分理，至军国大事，方许奏闻”，皇太极立即应允，并谓各部“有不能决断者，会同诸王贝勒议结。如会议仍不能结者，方许奏闻。”这也可以看出皇太极已疾病缠身，日感力不从心了。
皇太极究竟患有什么疾病，《朝鲜李朝实录》中的记载是目前可以了解这一情况的惟一比较确切的资料。其记载云：“清人言于世子馆所，以为皇帝病风眩，愿得竹沥，且要见名医。
”所谓“世子馆所”就是朝鲜为清所败后，由朝鲜王子做人质，在盛京设立的馆所。于是，朝鲜派遣针医、药医等前来诊治。风眩的症状是神志不舒、痰火重、易于发怒、血热上涌，从而导致头脑眩晕。而竹沥这一药材正具有化痰、止热之功效。这一记载又与《清太宗实录》的记载相吻合。其书记载，皇太极为舒畅神心，经常外出打猎。但在围猎时，又常常因为军士违令或因体弱射杀猎物不力而忿怒不已。由于平时常常痰火上升，因而容易引起中风、高血压，从而导致脑血栓而引发脑溢血，使人突然死亡。
