不过，方舟子也有很致命的缺点。
一个是臭脾气
方舟子脾气不太好，跟他交过手的名人们都深有体会。韩寒跟方舟子打得心寒了，罗永浩敢砸西门子的冰箱，但却拿方舟子无可奈何。方舟子也很记仇，不管是哪个名人，敢于公然挑衅他，帮着自己的对手，方舟子总有一天能挖出那个人糗事，然后大白于天下，搞得对方身败名裂。
方舟子的臭脾气，不仅仅是针对打假，对于所依赖的平台也是如此。
方舟子也曾在腾讯开微博，可他受不了当时微博负责人“和菜头”的“调侃”：“十几年了，方舟子还是那么乖，一调戏他就怒，就对我表演龇牙咧嘴。在我所有的网络宠物中，方老师是随喊随到，最听话的一只，吾深爱之”。有传言，和菜头因此事离职，而方舟子和腾讯之间也变得微妙起来。
2011年方舟子因为打假成了百度沸点里的焦点人物，在百度公司邀请他做演讲时，他却丝毫不留面子批评百度，当着众人的面儿说自己最喜欢的搜索引擎是谷歌，让百度的工作人员无地自容。
2012年，方寒大战之后，韩寒撤退，方舟子后来跟木子美对骂起来，骂到最后，方粉拿木子美（不加V）的子宫说事儿，木子美火了，把所有的诅咒都转移到方舟子的女儿身上。最终，方舟子不满新浪的处理结果，停止更新微博。由于跟腾讯有过矛盾，只得委屈在流量不高的搜狐开博。
