在任期间，于幼军掀起了声势浩大的招商引资狂潮，先后在香港、上海、广州三地举办了“港洽会”、“沪洽会”、“珠洽会”。“高看一眼，厚爱三分”的投资氛围日趋浓厚，彻底扭转了外界对山西“把外商打成内伤”的误读，山西招商引资实现了历史性跨越。
然而，大开放并没有让矿难止步。于幼军担任省长的两年，是山西矿难的高发期，相继发生了数起特别重大事故。其中2006年发生的大同市左云县新井煤矿井下透水、晋中市灵石县蔺家庄煤尘爆炸、大同煤矿轩岗焦家寨瓦斯爆炸三起事故，分别造成56名、53名、35名矿工死亡。同时期，一次性死亡20人以上的事故也层出不穷，在全国产生了恶劣影响。
为了遏制矿难频发，于幼军先后提出煤炭产量“零增长”、打响“三大战役”(关闭非法小矿；关闭9万吨以下小矿；整合20万~30万吨中型矿，上马一批现代化大矿)，并正式发布了省长令——《山西省煤炭资源整合和有偿使用办法》。
2007年5月，洪洞“黑砖窑”事件爆发。舆论重压下，于幼军代表山西省政府向国务院作出检查，并向受害者家属致歉，向山西全省人民检讨。
4个月后，已到文化部任职的于幼军没有赶上“中国（太原）国际煤炭产业博览会”的召开，这是山西首个国际性的展会，也是于幼军倾力促成的山西省“重大工程”。当天主持开幕式的是他的继任者。
此后，于幼军经历了人生最大的挫折——被撤销中央委员、留党察看两年。2011年2月，于幼军再获起用，担任国务院南水北调办公室副主任。颇具戏剧性的是，于幼军的继任者孟学农复出前也在该办担任副主任。
