直到光绪二年（1876），刑部尚书桑春荣亲审此案，开棺重新验尸。在刑部任职60年的老仵作照《洗冤集录》说法，证实葛品连并非毒发身亡，乃得病而死，只是骨头表面发霉。光绪三年（1977）二月，震惊朝野的“杨乃武与小白菜案”宣告终结，杨乃武与葛毕氏获无罪出狱；但杨乃武因在狱中多次被严刑对待，已一身伤残，而且连功名也不能恢复。而胡瑞澜、杨昌濬以下30多名官员则撤职查办，大都是出身湘军的“两湖派”将领，使得左宗棠的“两湖派”势力受到严重打击。
在此事上，上海的新闻报章《申报》连续报道此案，矛盾直指朝廷官官相护，欺上暪下，引来民间舆论、浙江乡绅以及浙江籍官员对杨乃武的同情。由于杨昌濬涉嫌包庇下属，欺压浙江乡绅，故不少浙江籍官员为杨乃武奔走，希望可以为杨乃武翻案。同时亦惊动两宫太后与恭亲王奕䜣，下令重审此案。
杨乃武晚年以植桑养蚕度过馀生，1914年9月患疮疽，不治身死。毕秀姑回到余杭，出家为尼，法名“慧定”，卒于1930年。
