由于杭州知府陈鲁严刑迫供，杨乃武多次昏死，最后供认是他给的毒药。葛毕氏被陈鲁以通奸杀夫之罪判决，杨乃武斩立决，葛毕氏凌迟处死。十一月初六，上报浙江按察使蒯贺荪。
杨家不服，到省城杭州喊冤告状。杨乃武胞姐杨淑英（菊贞）曾在夏同善家做过保姆，通过夏同善与刑部分管浙江司刑狱林文忠，将案卷送至军机大臣兼总理各国事务衙门大臣翁同和手里，认为疑点重重。后慈禧太后下旨，刑部令浙江巡抚杨昌濬重新审讯，并遣监察御史王昕私访民间，得知爱仁堂并无卖砒霜。可惜杨昌濬为保面子和曾参审官员的乌纱帽，竟依仗左宗棠拥兵边疆之势，复以“通奸谋命”上奏。
清廷委浙江学政胡瑞澜为钦差大臣，重审此案。但胡对刑法无知，敷衍上谕；刘锡彤又用重金贿赂胡瑞澜左右官员，以严刑逼供。葛毕氏受不了烧红铜丝穿乳极刑，再次诬供杨乃武指使杀人。胡瑞澜以为：“案经反复推究，供词佥同，并无滥刑逼供之事。即照本律科断，杨乃武斩立决，葛毕氏凌迟处死。”监察御史边保泉弹胡瑞澜复审草率。
同治十三年（1874）九月，杨淑英陪同詹彩凤第二次进京；由夏同善引荐，求遍浙江籍在京官员三十余人。夏同善会同王昕亲自上疏，为杨乃武平反。同年十二月十日，《申报》载：“本馆近两日连录余杭詹氏都察院奏请敕刑部复审呈稿一纸。此案干系重大。核其大略：‘该县民葛品连于十月初九被乃武妻葛毕氏加毒毙命，葛品连母疑而告县，呈内唯毕氏是指。知县验勘讯情，拟以举人杨乃武与葛毕氏通奸，与伊夫构嫌，因办毒药使该氏毒死其夫。’”《申报》亦登出，杨淑英上都察院的状纸与都察院所公布的版本有所不同，例如少了“屈打成招”的词语。
