他编写了十多种江南丝竹乐曲每种乐器的演奏谱，是我国民族器乐合奏专业教学的第一人。 除叶绪然、刘德海、李国魂外，那时他又培养了邝宇忠、陈泽民、吴俊生、程俊明、潘亚伯、李文英、徐正英、吴葆娟等学生，他们后来成为新中国琵琶艺术事业的中坚力量。没有林石城先生当时为往圣继绝学，中国的琵琶艺术事业将是另外一个局面。 在50年代末，林石城先生已经规划出比较系统完整的中国琵琶乃至民族声乐艺术的发展蓝图，年富力强的他本该进入事业的全盛期，但随着国家政治形势的恶化，他的事业经受了严峻的考验，生活也历经磨难。1960年，他因所谓历史问题被停职审查，离开了教学岗位。1963年，他举家迁回上海，生活日益困顿。为了维持生活，夫人朱绮华带着3女一子，搬过白菜，卖过白薯，扫过大街，刷过马桶，卖过冰棍，到实在难以为济时，朱绮华还多次卖血。
在这样的艰难贫困中，林石城先生从未放弃对民族声乐艺术的追求，在赤贫之中忍着关节炎发作的巨痛，在极低劣的纸张上整理编撰先师沈浩初先生的《养正轩琵琶谱》，历经艰辛促成此书的出版，并将所得稿费全给了沈先生的遗孀。 “文革”期间，林石城先生在极为艰苦的条件下，整理记写了《养正轩琵琶谱》、《鞠士林琵琶谱》、《陈子敬琵琶谱》等传统乐曲的演奏谱，进行了他人难以替代的抢救工作。他撰写了《中国曲式》、《琵琶教学法》、《琵琶练习曲》等初稿，编写或移植了《三六》、《青春之舞》、《苏武牧羊》、《山丹丹开花红艳艳》、舞剧《红色娘子军》、《白毛女》选曲等。他还到广州音乐专科学校、四川音乐学院、上海音乐学校等院校任教，直到1979年，他回到北京中央音乐学院任教。 回校任教后，林石城先生又培养了林嘉庆、周丽娟、郝贻凡、曲文军、章红艳等海内外学生，桃李满天下。
