当然，李鸿章要设立“海部”这一急迫的建议更未得到朝廷赞同。但半年后中国海军马江惨败，朝廷再次“筹议”海防，转机突现。李鸿章自然不会放过这一等了十年才来的机会，立即上了个长折，充分展开、论述了建立全国性“海军衙门”的理由。在这个长长的奏折中，李鸿章并不就事论事，而是详细、全面回顾了近十年来近代海军建设的艰难历程，提出了海军事业的发展蓝图。他把这些年自己的想法与苦水一倾而出，字里行间隐现出对朝廷对海军事业重视不够的不满和对今后能得到朝廷的支持的期盼。他分别谈了舰船、舰队、造船、军港、船坞、炮台、学校等几个方面的具体情况。李鸿章的介绍如此之细，确令人惊讶，同时令人不禁想起约二十年前他对枪炮弹药、蒸汽机的详细描述介绍。不能不承认，他是清王朝“近代化”的启蒙者。在写到创办培养海军人才的各类学校遇到的种种困难、因而成效有限时，他更是感慨良多，对朝廷的不满甚至溢于言表：
“惟朝廷似不甚重其事，部臣复以寻常劳绩苛之，世家有志上进者皆不肯就学。”包括李鸿章在内的“微臣”很少敢在奏折中对朝廷表示不满，然而他之所以在此公开表示不满之情，因为他认为新式海军人才的培养是海军建设的重中之重，必须引起朝廷的足够重视。他知道，“科举制”是妨碍新式海军学校建设的重要原因，人们仍以走科举之路为“正途”，所以他提出必须给海军学校学生以“登进之阶，令学成者与正途并重”，并提出了“新文凭”与“旧文凭”之间如何“折换”、进而如何补职升官的具体方案。若真正办理海军事业，需要大量资金，所以李鸿章在奏折中还提出了筹集经费的种种办法。
