简单说，清廷仍是用管理传统水师方法管理近代海军，根本未意识到近代海军装备技术相当复杂，必须统一、系统管理高度，远非当年水师可比。何况，朝野许多人都认为建立一个中国传统“六部”所没有、只有“狄夷”才有的新机构，意味着“以夷变夏”，约略相当于今天可能会被某些人指为“西化”的罪过。
十年后，1884年8月的中法马江战役，是中国近代海军组建以来对外第一仗，却以福建水师几乎全军覆没惨告结束。海军的惨败，才使清廷开始重视海军建设，在1885年6月发布上谕，承认虽然与曾建立造船厂、建有海军，但“造船不坚、制器不备、选将不精、筹费不广”是失败主要原因。表示“当此事定之时，惩前毖后，自以大治水师为主”，并要沿海各督抚“各抒所见，确切筹议，迅速具奏”。这是十年前曾“切筹海防”后的再次“筹议”海防。
在所有奏折中，左宗棠和李鸿章的奏折最受朝廷重视。
一手创办福州船政局的左宗棠对没有全国海军指挥的危害本就十分清楚，此次福建水师全军覆没，更以惨烈的事实证明了这一点。所以他立即上奏朝廷，提出要成立“海防全政大臣”或“海部大臣”，“凡一切有关海防之政，悉由该大臣统筹全局，奏明办理。畀以选将练兵、筹饷、造船、制炮之全权，特建衙署驻扎长江，南拱闽粤，北卫畿辅。该大臣或驻署办事，或周历巡阅，因时制宜，不为遥制，另择副臣，居则赞襄庶务，出则留守督工，权有专属，责无旁贷，庶成效可立睹矣。惟此大臣任大责重，必品望素著，深通西学，为中外倾服者，始可当之。”收到此折后，慈禧发布“懿旨”：“海防善后事宜，著军机大臣、总理各国事务衙门王大臣会同李鸿章，妥议具奏，醇亲王奕訢著一并与议，所有左宗棠等条奏各折片，均著给与阅看。”
