对没有统一的海军指挥机关的危害，李鸿章当然也十分清楚，早在1884年2月末，即中法马江海战半年前，他就曾向总理衙门建议设立“海部”统管全国海军。当时总理衙门想专设一“海防”衙门，沿海七省海军建设大事由一重臣统筹。但这个机构却不设在京师，而外设在烟台，说明其级别之低与实权之小，仅是一地方性大臣。针对对此提议，李鸿章专门给总理衙门写了“请设海部兼筹海军”函，认为此议不可取，因为中国海疆辽阔，从旅顺、大连到台湾、海南岛，仅以一仍是地方性大臣主管根本行不通。因为此事“非一人之才力精神所能贯注，而形格势禁”无法“长驾远驭”。他尤其提醒总理衙门，这样会使这位重臣的权力过大，削弱中央权力，“开外重内轻之渐”。而他的意见是，这时应直接在京城设立作为中央机关的“海部”，而不是另建一带有地方色彩的“海防衙门”。
他指出，西方各国“外部、海部并设衙门于都城，海部体制与他部相埒，一切兵权、饷权与用人之权悉以畀之，不使他部得掣其肘。海部大臣无不兼赞枢密者，令由中出，事不旁挠”。他知道海军在近代中国是一个新军种，建设地方性近代海军已遇强大阻力，如在“中枢”设立海部，一定会遇到顽固派更强大的反对、指其为“以夷变夏”。所以他特别强调不能因为海军是从外夷传来“而厚非之”，因为“中国议论多不屑步人后尘”，其实我们完全可以“楚材晋用”；他知道总理衙门用“海防”一词而不用“海部”一词也是迫不得已，本意是想“踵其实而避其名”，避开顽固派的反对，但他认为大可不必，应直接用“海部”，因“海防二字顾名思义，不过斤斤自守”，所以不足以张国威而灭敌人的威风，在外患如此严重之时，应该直接在首都设“海部”，才有可能救急。由于清廷对设“海防衙门”本不重视，再加李鸿章的反对，此事便不了了之。
