这两项资金的援助性质不同，其援助对象、领域也有所不同。
日元贷款的条件优惠于商业贷款，无偿援助则不必偿还。凡是非赢利的民生福利项目日方才将其列为无偿援助对象；提高全国或者地区生产力的经济基础设施则被日方列入日元贷款对象。
无偿资金援助
无偿资金援助又包括了“一般无偿资金合作”、“利民工程无偿援助”、“文化无偿援助”、“紧急无偿援助”等方式。
其领域涉及教育、医疗、农业、环保等方面。中日友好医院、中日环保中心、贵州农村改水等等均属无偿资金援建的代表性项目。
日元贷款
日元贷款是针对中国可持续发展所必需的基础建设和综合性环境治理提供低息和长期稳定资金的一种援助方式，是日本对华政府开发援助的重要组成部分。日元贷款在利息（1999年度对华日元贷款年利率为0.75％～2.2％）和偿还期（30～40年。其中包括10年的宽限期）等方面应该说对中国极为优惠。“北京地铁、首都机场、京秦铁路、南昆铁路、上海浦东机场，武汉长江第二大桥、内陆地区光缆建设”等就是由日元贷款援建的大型工程。除此以外，日本政府还有其他多种形式的对华政府开发援助。日本国际协力银行提供的约220亿美元无附加条件中期（10～16年）贷款较具代表性；还有如通过向世界银行、亚洲开发银行提供资金等方式进行间接性援助。而日本是上述国际金融机构的最大规模出资国。
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