自郑成功离开，郑军大本营失去了指挥，不知如何行动，只好各自为战，原地固守，清军加紧攻击，各个击破。郑成功见败局已定，只好率船队撤到镇江。然后，由长江返回厦门。张煌言正在攻打铜陵，忽闻郑成功败讯，打算顺溜与郑成功合兵，不料清军水师在南京封锁了归路，只好从陆路经浙东转回舟山，也因孤军无援，被清军打败。
南京之战可以说是郑成功军事生涯最重要的一战，却是由盛而衰，以大败收场，使郑成功的反清大业受到致命挫折。为了解决大军的后勤给养，以图后举，郑成功返回厦门，横渡台湾海峡，顺利抵达澎湖，受到当地居民热烈欢迎。
那时的台湾已被荷兰统治三十多年，经过一系列的战斗，荷兰人被打跑，台湾重新回到祖国怀抱。郑成功在台湾开辟出一块海外基地，延续着明朝的一线生机。
