此次南海仲裁庭是依据《联合国海洋法公约》（《公约》）附件七为本案特设成立的。附件七第3条赋予ITLOS庭长在特定情形下指任、组建特设仲裁庭的权力，即由于争端一方当事国中国选择了不接受、不参与的立场，本应由中方指派的仲裁员与应由中菲协议指派的另三名仲裁员，在没有其他协议的情形下，由ITLOS庭长作出必要的指派。
时任ITLOS庭长的是日本籍柳井俊二，在5人仲裁庭中，除鲁迪格·沃尔夫鲁姆（德国籍）仲裁员为菲律宾方指派，其余4人均由柳井代为指派，包括托马斯·门萨（英国与加纳双重国籍）、让·皮埃尔·科特（法国籍）、阿尔弗莱德·松斯（荷兰籍）、斯坦尼斯洛·帕夫拉克（波兰籍）。柳井指派帕夫拉克为中方仲裁员代表，门萨为首席仲裁员。
柳井俊二是日本前资深外交官，在日本外交部门工作40余年（1961-2002），1997年曾任日外务省事务次官，并曾担任日本驻美大使（1999-2001）。柳井自2005年起至今担任ITLOS法官，2011年至2014年担任过庭长职务。自2007年至今，柳井还同时担任安倍政府“有关安保法的基础再构建恳谈会”会长职务。此恳谈会主要为安倍政府修宪、解禁集体自卫权、日美安保条约与日美同盟、日本与其他国家的联合安保等议题寻找法律依据并提供理论及策略支持。柳井法官这一会长职务的实质就是安倍政府智囊团的首席。柳井是公认的日本右翼鹰派代表人物，其个人政治立场非常明确。
