父亲钱学榘，汉族，美国波音公司的工程师（与钱学森同系钱王钱镠第33世孙）；
堂伯钱学森，世界著名科学家，空气动力学家，中国载人航天奠基人，中国科学院及中国工程院院士，中国两弹一星功勋奖章获得者，被誉为“中国航天之父”“中国导弹之父”“中国自动化控制之父”和“火箭之王”。
舅舅，麻省理工学院的工程学教授；
哥哥钱永佑（Richard Tsien），神经生物学家，美国科学院院士，斯坦福大学教授、曾任生理系主任；
堂兄钱永刚（钱学森的长子），解放军某研究所高级工程师、上海交通大学兼职教授。
钱永健在获得诺奖后，曾说自己从小在美国成长，算不上是中国科学家。他说：“我不是中国科学家。我在美国长大，并一直在这里生活……但我希望奖项能鼓舞中国的学生和科学家。”但在中国，有人听了这番话曾很不高兴。这是有人故意不理解钱永健的意思。实际上，他也有强烈的中国情愫。他说，“对于我来说，中国当然不是随便一个不相关的‘外国’，我的父母出生在中国，我还有一些亲戚在中国。你看，我姓钱，这也是很具有中国特色的。我对于中国文化也很感兴趣。”还说，“中国拥有丰富多元的文化，我对于中国的文化非常陶醉。当时因为与妈妈在一起，所以她给我讲解了许多有文化深意的物和事。”
虽说科学可以无国界，无国籍，但钱永健这种与中国具有特殊关系的美国著名科学家，总的来说，对中美科学与文化交流必然具有特殊的作用。对一名科学家而言，六七十到七八十岁，也可能是黄金年龄段。随着他的社会影响力扩大，他原本可以为中美一些合作交流做更多的事。他的离去，对美国是重要损失，对中国也是如此。从另一方面看，中国人的思维也完全不必过分实用主义，总以对自己有无用来衡量。有些超越性的东西，正是人类文明最高价值的体现。
