1957年12月25日，张元勋被秘密逮捕，判刑八年。北大当时约有八千学子，约有1500名师生被打成右派，他们中的许多人，被开除公职与学籍，发配到边疆荒野，20多年后才得以平反。
1958年6月起，林昭在人大新闻系资料室监督劳动，期间与同在资料室“劳动考察”的人大学生“右派分子”甘粹产生爱情，他们提出结婚申请，但上级批评他们谈情说爱是抗拒改造，不准他们结婚。
1959年9月，甘粹被发配到新疆进行劳动改造。林昭病情加重，冬天咳血加剧，请假要求回上海休养。
1960年春，人大校长吴玉章先生批示准假，林昭由母亲接回上海。
[编辑本段]上海
通过调养，林昭病情渐有好转，并在上海认识了兰州大学的研究生顾雁、徐诚，当时兰大的张春元等人，正在准备筹办针砭时弊的《星火》杂志，随后林昭的长诗《海鸥之歌》和《普鲁米修斯受难之日》，在《星火》第一期上发表。但很快涉及《星火》的人员，都被抓捕。1960年10月，林昭被逮捕入狱。
1962年初，林昭得以保外就医。期间曾要求上海的无国籍侨民阿诺，将《我们是无罪的》、《给北大校长陆平的信》等带到海外发表。
1962年12月，林昭又被捕入狱。在狱中林昭曾多次绝食、自杀，并分别两次给当时的上海市长柯庆施、《人民日报》写信，反映案情并表达政治见解，都没有回音。林昭在狱中，没有笔和纸，竟然都是用血在白色的被单上写作（有二十万字之多）。另外，由于林昭拒绝违心地服从，被狱卒视为表现恶劣，遭受较严重的虐待，林昭在血书中写到：“光是镣铐一事人们就玩出了不知多少花样来：一副反铐，两副反铐；时而平行，时而交叉，等等不一。臂肘之上至今创痕犹在不消说了，最最惨无人道酷无人理的是：不论在我绝食之中，在我胃炎发病痛得死去活来之时，乃至在妇女生理特殊情况--月经期间，不仅从未为我解除过镣铐，甚至从未有所减轻！--比如在两副镣铐中暂且除去一副”。
