1997年4月至11月，孙小果在保外就医期间又多次犯罪。昆明市中级人民法院于1998年2月以强奸、强制侮辱妇女、故意伤害、寻衅滋事罪判处其死刑。云南省高级人民法院1999年3月二审改判其死刑，缓期二年执行，2007年9月再审改判其有期徒刑二十年。
2010年4月11日，孙小果经多次减刑后刑满释放，实际服刑十二年零五个月。出狱后，孙小果先后担任云南咪兔投资管理有限公司、云南银合投资有限公司、昆明玺吉商贸有限公司等企业股东，以及原昆明昆都M2酒吧等多家酒吧股东或实际控制人。
孙小果出狱后涉嫌黑恶犯罪
办案机关查明，2018年7月21日晚，孙小果受李某邀约，先后组织杨某光、冯某逸等7人赶到昆明市官渡区金汁路温莎KTV，对王某涛等人进行殴打，致王某涛重伤二级，其他人不同程度受伤。
案发后，昆明市公安局官渡分局于2018年7月30日对其立案侦查，于8月30日对其取保候审。案件于2019年1月3日移送至官渡区人民法院后，办案部门发现孙小果系1998年一审被判处死刑的罪犯，昆明市委遂及时向云南省委报告。省委高度重视，要求对该案深挖彻查，依法办理。官渡区人民法院于2019年3月18日决定对其逮捕，公安机关对孙小果2010年4月刑满释放后涉嫌违法犯罪全面开展侦查，发现孙小果及其团伙成员先后有组织地实施了聚众斗殴、开设赌场、寻衅滋事、非法拘禁等违法犯罪，涉嫌黑恶犯罪，公安机关已立案侦查。2019年4月，中央扫黑除恶第20督导组进驻云南后，将该案作为重点案件进行督办;5月，全国扫黑办又将该案列为挂牌督办案件，并派大要案督办组赴云南指导督促案件办理工作。
