然而，一个小小的蜘蛛网就把外来入侵犯罪的调查推入了死角。在“入侵者”本该闯入的窗户上，有一个小小的、完好如初、似乎并未受过惊扰的三角形蜘蛛网。而被打破的窗户上还有一块摇摇欲坠的玻璃碎片，如果真的有人从此闯入，那么这块玻璃碎片连同那个蜘蛛网一起，都应该被破坏。
由于案发当时证据采集的不充分，后来警方没有办法解释的事情太多，琼贝妮特的案子也因此陷入了僵局。
来自非凶手的认罪和警方迟到的道歉
案发7年之后的2006年，在泰国担任老师、有恋童癖的约翰-卡尔(John Karr)，宣称自己是杀害琼贝妮特的凶手。他还向警方供认了自己给琼贝妮特下了药这件事。然而随着调查的推进，警方发现卡尔的供述都来源于此前媒体公开报道过的内容。
而琼贝妮特的体内也没有发现任何被下过药的踪迹。后来的DNA测试显示卡尔根本没在案发现场出现过，调查当局甚至还发现了卡尔在案发时身处别州的影像证据。也就是说卡尔虽然是个劣迹斑斑的恋童癖，但根本不可能是杀害琼贝妮特的犯人。
2008年7月29日，当地警方宣布：根据最新的DNA检测结果，拉姆西一家三口正式被排除杀人嫌疑。地区检察官玛丽-蕾西(Mary Lacy)给拉姆西一家寄去了官方道歉信。但这封道歉信来得太迟了，佩西因为卵巢癌在2006年就已经去世了。而直到她去世的前一刻，她还在被舆论怀疑是她杀害了自己的女儿，而她得癌症是此事的报应。
