琼贝妮特死因之谜在2015年2月的媒体采访中，时任警察局局长马克-贝克内(Mark Beckner)才披露了关于琼贝妮特死因的更多信息。当时琼贝妮特是因为窒息而死。但在她窒息的前一个小时左右，她被击中头部而失去了意识。贝克内认为，包括绑架信和尸检结果显示琼贝妮特死前可能被性侵都是凶手为了让谋杀看起来像是绑架而故意设计的。
警方对外宣称并未有非法闯入的痕迹，然而在发现琼贝妮特的地下室，其实有一扇被打破的气窗，地上也有一个不符合拉姆西一家的靴子脚印。案发现场也未找到导致琼贝妮特窒息的绳子。但这些细节一年多后才被警察公布，也未能取得公众太多的注意，因为舆论早已给拉姆西一家戴上了杀人犯的帽子。
琼贝妮特一家所住的社区其实并不像表面上看起来的那么安全。在案发前几周，他们家所在的区域竟然已经上报了超过100起失窃案。更令人不安的是，以他们家为中心的方圆两英里内，竟然居住着高达38个被登记在案的性侵犯罪犯。在这样一个犯罪频发的地区，为何当地警方不去追查外部线索，反而一直牢牢紧盯拉姆西一家呢？
2012年，在《到底谁杀死了琼贝妮特》一书中，时任首席调查官的吉姆-克拉尔(Jim Kolar)透露警方在琼贝妮特的裤子和内裤上发现了一丁点男性DNA的痕迹，而这个DNA既不符合拉姆西家族中的任何人，也不符合联邦调查局DNA数据中心的160万份数据。这也一度让调查从内部犯罪转向了外来入侵犯罪。
