引起性交疼痛的原因很多，在排除由于阴茎畸形或者动作粗暴等男方因素后，由女方因素造成的性交疼痛有两大类：一类为器质性因素，一类为精神性因素。器质性性交疼痛常见的有阴道炎等病，这些疾病在性交时出现阴道灼痛，抽动时加重。而患有外阴炎、外阴溃疡及尖锐湿疣的妇女，性交时外阴灼痛。另外，盆腔炎、子宫内膜异位症患者有明显的下腹部坠胀、疼痛，性交时阴道深部、下腹疼痛加重。像那位年轻的新婚女性的性交疼痛就是这种情况。这些疾病应当在医生指导下，行药物、理疗等方法治疗，绝大多数病人可获得满意的效果。
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更年期妇女及某些内分泌疾病引起的雌激素缺乏，可使阴道弹性下降、阴道干涩。另外还可以使阴道的酸碱度发生改变，使细菌容易生长，导致感染，引起性交疼痛。这类妇女在性交前，可适量口服雌激素，或阴道外用雌激素软膏、润滑油之类的药品，可以润滑阴道、改善性交疼痛的程度。
一些女性生殖器畸形，如处女膜肥厚、阴道纵隔、阴道瘢痕可引起阴茎插入时疼痛，在暴力插入时尤其明显，甚至出现撕裂样疼痛导致外阴阴道损伤。这种情况应及早就医，通过手术解决。而由于男方真正的阴茎过大、女方阴道过小而造成性交疼痛很罕见，因为女性阴道有很强的延展性。
