但是建设初期总是困难重重。
困难主要集中在两方面。一是地层太过复杂，著名的工程力学家孙钧院士曾经这样形容深圳的地层：在时空上随时突变、不可预见。二是相关工程管理经验的缺乏，地铁一期工程基本是摸着石头过河。
那时候地铁施工队伍有一些是从其他城市来的，有一些原本从事铁路或其他工程施工，但即便是本地的施工单位，对深圳的土壤环境和地铁施工要求也不甚了解。所以大到环境、安全的标准，小到泥土车的要求，都要适应。
设计单位对深圳地层也不熟悉，造成不少设计方案不合实际，甚至在实施过程中突然需要修改，要重新走审批流程，费时又费钱，但是工程进度等不了审批程序，纳税人的钱也经不起折腾。我们当时就边开会边施工，但凡有什么问题，领导、专家、所有技术人员、施工单位、监理单位、设计单位直接全部压到现场，就地解决问题。
施工难度和紧迫程度让人毕生难忘
2004年12月28日，是深圳地铁一期工程通车试运营的日期，所有工期都必须在这天之前完成。虽然一共只有两条线路27公里，但施工的困难和紧迫程度让人毕生难忘。
2002年底左右，当时地铁1号线挖掘到广深铁路附近时，突遇湍急的地下水，工程随时会遭遇塌方，而且地下水酸性极强，工人下去一会儿，手脚、靴子就都被酸脱了皮，完全无法施工。
