如何利用馆藏文物，讲好山西的故事，甚至中国的故事，是晋博人长期探索的方向。他们在充分研究历史的基础上，以反映山西地域历史文化特色的文物为征集目标，并结合考古发现和科研成果，建立了具有自身特色的藏品体系。不但记录和展示了山西历史，还为历史陈列和多个专题展览打下了坚实的基础。
“晋魂”基本陈列从40余万件套藏品中遴选出4000余件，12个展厅，分为7个历史专题和5个艺术专题两大序列。展览在展示各时代精美文物的同时，力求反映当时的社会历史。此外，打破了传统博物馆陈列重物不重人的现象，着力增强陈列的参与性和互动性，使观众获得更深刻、更全面，又趣味盎然的参观和认识体验，让展品走近观众，让观众走进展览。这个展览于2007年荣获了“全国博物馆十大陈列精品奖”。
挑选有代表性的藏品以突出展览主题的同时，深挖藏品背后隐藏的知识线、故事线，也是晋博充分利用藏品办展的一大特色。近年来，晋博积极整合不同博物馆的藏品来举办主题特展，与全国各地的博物馆建立文化交流机制。如“碰撞·融合——长城文化展”，集合了山西博物院、内蒙古博物院、甘肃省博物馆、辽宁省博物馆的276件文物。展览的独特之处就在于将不同地域的文物置于同一历史脉络下，讲述长城史的故事。
