启东人成功的经验还有一条——来自官方机构内部的反对。在社会各阶层普遍反对的背景下，“7·28事件”只是“压死骆驼的最后一根稻草”。
政府内部的反对声从2005年起就出现，前市委书记谢丕岳几乎每年都在“新春茶话会”上提这个问题，也有重要老干部曾从组织渠道写材料向上反映，但总没什么结果。
人大、政协也没有闲着，2005年1月市“两会”期间，就有39名人大代表提案反对项目上马，政协委员也屡屡发声。为让代表、委员们能够多表达抵制意见，在2010年“两会”前，启东志愿者把已经写好的提案挨家挨户放在代表、委员家门口。但代表、委员们的提案虽引发了社会讨论，却没能撼动决策。
从“排海工程”的发展态势来看，虽然这些建议都没有起到实质性的作用，但来自官方机构内部的反对声，对促成事件和平解决无疑是一股极为重要的力量。
事件爆发前，在市民的“请愿”要求下，南通市方面曾就“排海工程”举行听证会。听证对象包括离退休老干部、养殖户、渔民、网友、市民五方代表七八十余人——离退休老干部群体一致质疑该工程。
市人大常委会前主任施仲元、前副市长周广森等老干部直接指出了该工程违反国家有关环境保护的法律法规。施仲元认为，日本“王子”项目是日本发达国家向发展中国家转移的一个污染项目，“排海工程是以牺牲启东渔业的代价，换取王子造纸的利益，明明有影响，为什么要说没有影响？”他还表示，“这不仅仅是我本人，说句老实话，在职的四套班子领导，也是这个想法。”
