感染。一些感染会干扰精子的产生或精子的健康，或者会引起疤痕，从而阻碍精子的通过。这些包括附睾发炎（上皮膜炎）或睾丸发炎（睾丸炎）以及一些性传播感染，包括淋病或HIV。尽管某些感染会导致睾丸永久受损，但多数情况下仍可以取回精子。
射精问题。逆行射精发生在性高潮期间精液进入膀胱而不是从阴茎尖端出来。各种健康状况可能导致射精逆行或射精不足，包括糖尿病，脊柱损伤以及膀胱，前列腺或尿道手术。
某些药物也可能导致射精问题，例如被称为α受体阻滞剂的血压药物。有些射精问题可以逆转，而另一些则是永久性的。在大多数永久射精问题的情况下，仍然可以直接从睾丸中取出精子。
攻击精子的抗体。抗精子抗体是免疫系统细胞，会错误地将精子识别为有害入侵者并试图破坏它们。
肿瘤。癌症和非恶性肿瘤可通过释放与生殖有关的激素（如垂体）的腺体或未知原因直接影响男性生殖器官。手术，放疗或化学疗法也可以影响男性的生育能力。
睾丸未降。在胎儿发育期间，一个或两个睾丸有时不能从腹部下降到通常包含睾丸的囊（阴囊）中。在这种情况下，男性的生育力降低的可能性更大。
激素失衡。下丘脑，垂体和睾丸产生产生精子所必需的激素。这些激素以及甲状腺和肾上腺等其他系统的改变可能会损害精子的产生。
运输精子的小管的缺陷。许多不同的管子都带有精子。它们可能由于各种原因而被阻塞，包括由于手术引起的无意伤害，先前的感染，创伤或异常发展，例如囊性纤维化或类似的遗传病。
阻塞可发生在任何水平，包括睾丸内，引流睾丸的管中，附睾中，输精管中，射精管附近或尿道中。
染色体缺陷。遗传性疾病，例如克林费尔特氏综合征（Klinefelter"s syndrome），其中男性出生时具有两个X染色体和一个Y染色体，而不是一个X和一个Y染色体，该疾病导致男性生殖器官异常发育。与不育相关的其他遗传综合症包括囊性纤维化，卡尔曼综合症和卡塔赫纳综合症。
腹腔疾病。由对麸质，乳糜泻的敏感性引起的消化系统疾病可引起男性不育。采取无麸质饮食后生育能力可能会改善。
某些药物。睾丸激素替代疗法，长期使用合成代谢类固醇，抗癌药（化学疗法），某些抗真菌药和抗生素药，某些溃疡药和其他药物会损害精子的产生并降低男性的生育能力。
先前的手术。某些手术可能会阻止精子进入精液，包括输精管切除术，腹股沟疝修补术，阴囊或睾丸手术，前列腺手术以及针对睾丸和直肠癌进行的大型腹部手术。在大多数情况下，可以进行手术以逆转这些阻塞或直接从附睾和睾丸中取出精子。
