同时空调、冷柜、购物车等设备的购入、运转费用都使超市生鲜区的投入成本居高不下，超市生鲜严格的品质管理和工作流程的标准化也使经营环节的成本大大增加，而生鲜商品是老百姓日常生活中的必须品，购买频率高，受价格因素影响大，因此，超市也不能将销售价格定得过高，因此，超市生鲜的高投入是造成超市生鲜经营利润不佳的重要原因之一。
2.品种求全、求鲜，损耗加大，整体毛利降低
生鲜超市里的蔬菜和水果和农贸市场相比都不会很新鲜，且价格比农贸市场要高。“因为在我国，果蔬产品多为小农生产，超市直接采购的成本很高，且很难对小农的生产进行监督，如从批发市场进货，产品质量也同样很难控制。”此外，生鲜产品属易腐产品，保存周期比较短，库存费用就相对要高，在进货途中损耗也比较大。
蔬果挑选分级等初加工目前也只能以人工为主，要求却比农贸市场要高，且超市为吸引顾客，品种求全、求鲜，这些都导致了超市在经营生鲜产品这一块的整体毛利比较低。
3.超市生鲜物流配送体系建设滞后
我国超市生鲜物流配送体系建设处于初级阶段，许多超市没有自己的物流配送中心，一些大型连锁超市虽然有物流中心，但往往配送中心及物流运输设备缺乏“冷链”，生鲜商品多采取门店自采，供应商直接送货的直配方式，而非进行统一采购，配送中心统一配送的方式，前者虽能在一定程度上缩短产品中转时间，保证商品的新鲜度，但连锁超市大规模统一采购的成本优势得不到真正的体现，受运输条件的影响。
产品的品质也难以保障;同时，由于我国超市生鲜的物流配送信息化管理程度普遍低，对生鲜订货及物流过程缺乏有效监控，与发达国家相比，我国生鲜农产品在物流过程中损耗严重，美国水果蔬菜在物流环节的损耗率仅有1%-2%，而我国每年损失率为25%-30%，全国每年果品腐烂坏损约1200万吨，蔬菜1.3亿吨，造成的经济损失约上千亿元[2]。物流配送体系建设的落后已严重影响了我国超市生鲜产品的经营运作。
4.商品供应体系不健全
我国超市生鲜供应链目前虽已基本形成，但问题也较多。特点是供应链太长，生鲜产品从生产地到货架，中间要经过许多环节，不仅大部分生鲜产品最终丧失了价格优势，而且产品的新鲜度也赶不上农贸市场，而且供应链管理效率低下，特别是大宗农产品物流与连锁超市生鲜区之间未能形成有效衔接，生鲜产品的冷链物流尚未形成，这些都导致了超市在经营生鲜上的高成本和低新鲜度。
从长远来看，生鲜超市若不解决供应链上存在的问题，将很难根本性取代农贸市场的地位。
2.品种求全、求鲜，损耗加大，整体毛利降低
生鲜超市里的蔬菜和水果和农贸市场相比都不会很新鲜，且价格比农贸市场要高。“因为在我国，果蔬产品多为小农生产，超市直接采购的成本很高，且很难对小农的生产进行监督，如从批发市场进货，产品质量也同样很难控制。”此外，生鲜产品属易腐产品，保存周期比较短，库存费用就相对要高，在进货途中损耗也比较大。
蔬果挑选分级等初加工目前也只能以人工为主，要求却比农贸市场要高，且超市为吸引顾客，品种求全、求鲜，这些都导致了超市在经营生鲜产品这一块的整体毛利比较低。
3.超市生鲜物流配送体系建设滞后
我国超市生鲜物流配送体系建设处于初级阶段，许多超市没有自己的物流配送中心，一些大型连锁超市虽然有物流中心，但往往配送中心及物流运输设备缺乏“冷链”，生鲜商品多采取门店自采，供应商直接送货的直配方式，而非进行统一采购，配送中心统一配送的方式，前者虽能在一定程度上缩短产品中转时间，保证商品的新鲜度，但连锁超市大规模统一采购的成本优势得不到真正的体现，受运输条件的影响。
产品的品质也难以保障;同时，由于我国超市生鲜的物流配送信息化管理程度普遍低，对生鲜订货及物流过程缺乏有效监控，与发达国家相比，我国生鲜农产品在物流过程中损耗严重，美国水果蔬菜在物流环节的损耗率仅有1%-2%，而我国每年损失率为25%-30%，全国每年果品腐烂坏损约1200万吨，蔬菜1.3亿吨，造成的经济损失约上千亿元[2]。物流配送体系建设的落后已严重影响了我国超市生鲜产品的经营运作。
4.商品供应体系不健全
我国超市生鲜供应链目前虽已基本形成，但问题也较多。特点是供应链太长，生鲜产品从生产地到货架，中间要经过许多环节，不仅大部分生鲜产品最终丧失了价格优势，而且产品的新鲜度也赶不上农贸市场，而且供应链管理效率低下，特别是大宗农产品物流与连锁超市生鲜区之间未能形成有效衔接，生鲜产品的冷链物流尚未形成，这些都导致了超市在经营生鲜上的高成本和低新鲜度。
从长远来看，生鲜超市若不解决供应链上存在的问题，将很难根本性取代农贸市场的地位。
