当然，这相当于回避了一个问题，因为如果上帝创造了全球洪水，并神乎其神地操纵了方舟，那么他可能会创造任何其他奇迹来确保诺亚的使命成功，从暂时将所有动物缩小到老鼠的大小，甚至让它们都没有食物和水生存一年。一旦一个超自然的奇迹被用来解释一件事，它就可以用来解释一切。
方舟故事的另一个问题出现了，因为没有证据显示有全球洪水。许多不同宗教和文化的创世故事包括洪水故事，如果世界范围内发生洪水，“5000年前的考古将记录数以千计的城镇、村庄和城市的遗迹同时被洪水冲毁。似乎人类的灭绝，如果真的发生的话，在任何地方的考古记录上都没有留下痕迹。"
缺乏大洪水的物理证据并没有阻止现代信徒寻找诺亚方舟本身。但是船显然不见了。尽管一再提出相反的主张，但从未发现这种情况。四十年前，《诺亚方舟:寓言还是事实》的作者维奥莱特·m·卡明斯(创世纪-科学研究中心，1973年)声称约柜是在土耳其的阿拉拉特山上发现的，正如创世纪8 : 4中所描述的，“七月十七日，约柜停在阿拉拉特山上。”
1993年2月，哥伦比亚广播公司播出了一个两小时的黄金时段特别节目，题为“诺亚方舟的惊人发现”其中包括一名男子动听的证词，他声称不仅亲自在阿拉拉特看到了方舟，而且还找回了一部分方舟。这些证据后来被披露为恶作剧。2006年3月，研究人员发现阿拉拉特山的岩层就像一只巨大的方舟，但这种说法毫无根据。
几个月后，一个基督教组织的考古队发现了另一个可能是诺亚方舟的岩层——不是在阿拉拉特山，而是在伊朗的埃尔布尔兹山。这一耸人听闻的发现也失败了。
事实上诺亚方舟已经“发现了这么多次。然而，方舟遗骸丢失本身就是一个谜。无论“诺亚”方舟是真是假，它都没有“基于真实事件进行改编”。
