新冠疫情暴发后，2020年1月21日，“中西医协同的防控机制”首度被提及。1月27日发布的第四版诊疗方案中，连花清瘟首次出现，此后的第五至第九诊疗方案，一直在列。
到了当年3月，国务院新闻办就中医药防治新冠肺炎的重要作用及有效药物举行发布会，提出已筛选出了有明显疗效的“三药三方”，连花清瘟胶囊也是其中之一。
4月，连花清瘟胶囊处方药适应症扩增获得了批准，增加“在新型冠状病毒性肺炎的常规治疗中，可用于轻型、普通型引起的发热、咳嗽、乏力”“新型冠状病毒肺炎轻型、普通型疗程7~10天”。
疫情带动着连花清瘟的销量。如前所述，2020年实现销售收入42.56亿元，同比增长149.89%，2021年前三季度销售额超30亿，以岭股价三年内股价从12元涨到了43元。
连花清瘟也在向国外推广。
根据以岭药业的年报，连花清瘟作为药品在印度尼西亚、莫桑比克、泰国、厄瓜多尔、新加坡、老挝、菲律宾、科威特、毛里求斯、乌干达、蒙古、津巴布韦、乌兹别克斯坦、中国香港、中国澳门等多个国家和地区完成注册。
以岭药业国际贸易中心总经理孙学非分析接受长城网采访时表示，2021年，连花清瘟海外销售额相较2020年翻了一番；2022年，连花清瘟首季度海外销售额即超过2021年全年。
不过，连花清瘟在国外的境遇差异很大。
在新加坡，该国卫生科学局（HSA）表示，连花清瘟胶囊注册为中成药，指的是可出售为受当局管制的辅助保健品，不能用来诊断或治疗传染病等病症。
瑞典海关禁止连花清瘟入关，认为其活性最高的成分是薄荷醇（中国媒体的报道普遍是“成分仅含薄荷醇”），不认可其对新冠治疗有效。
早在2020年中旬，澳大利亚边境执法局（Australian Border Force，ABF）已警告民众连花清瘟胶囊因含有麻黄属于违禁药物，连花清瘟胶囊在美国和加拿大海关也有过被扣留的报道。
在美国，2015年12月，连花清瘟胶囊获美国FDA批准开展二期临床研究，成为全球第一个进入美国FDA临床研究的复方治感冒抗流感中药。不过6年过去了，该项研究的结果仍未披露。
