碘酊有强大的杀灭病原体作用，它可以使病原体的蛋白质发生变性。碘酊可以杀灭细菌、真菌、病毒、阿米巴原虫等，可用来治疗许多细菌性、真菌性、病毒性等皮肤病。
但是碘酊是仅供外用，切忌口服。如误服中毒，应立即用淀粉糊或米汤灌胃，并送医院救治。且因为刺激性大，若伤口涂上可产生强烈的烧灼疼痛，所以碘酊不能用于皮肤已破损处及眼、口腔、会阴和其他粘膜等处的消毒。
碘酊是不可以吃的，为了防止小孩误食，碘酊应该放在儿童不能接触的地方还有儿童必须在成人监护下使用。用药部位如有烧灼感、瘙痒、红肿等情况应停药，并将局部药物洗净，必要时向医师咨询。如果连续使用3日无效，应咨询医师。
