国民党军统和中统的区别，情报对象不同地位不同导致敌对

国民党逃台后，蒋介石对两个特务组织进行了改组，成立了国家安全局和军事情报局。这实际上就是中统与军统的延伸。对双方的工作范围也进行了区分，明确了国安局以对内安全为主，重点是侦查岛内的中共组织。军统以对大陆为主，重点是对大陆侦察、派遣、破坏和武装袭扰。

到蒋经国后期，特别是“江南事件”以后，蒋经国开始改组中国台湾情报特务组织的系统与任务范围。国安局逐渐取代军事情报局，成为岛内最大的情报机关，并开始掌握对大陆的特务与情报活动的主导权。而军情局反而变成了单纯的军事情报机构了，主要负责对大陆军事系统的情报工作。