军统和中统最直接的冲突，是在国民党政府的西迁，从南京迁到了重庆。这在当时的形势是非常严峻的，所以军统局也担负了一些对行政机关，交通、金融部门这些要害部门的监视。而这本该是属于中统管的事情，这就和后来的中统局有了权限方面的冲突。说白了也是利益，军统自然不愿意把权限交出来，所以，一旦遇到矛盾，两个部门的人就会冲突起来，小事情由双方领导负责摆平，但闹大了双方就都很不好看。
但谁都知道戴笠深受蒋介石的信任，所以，军统的势力也是在逐渐扩大；而中统是国名党CC系的大老陈立夫、陈果夫叔侄所掌握，在人事上蒋是不能直接控制的。蒋自然会扶植军统，压制中统。到了国民党退到中国台湾以后，中统实际上已经丧失了全部组织系统。而军统的组织系统倒是得以保存和发展。
