据“596秘史”书记载，在文革中有二机部的个别高层领导甚至亲自出马写“大字报”贴到九院，说钱三强妄图把持核武器研制的领导权，有个人野心，又有人说49年钱三强托约里·居里夫妇购买的核实验仪器，以及后来去苏联访问时与苏联科学家的私人交往，都有里通外国的嫌疑。而涉及到“特嫌”，据“596秘史”一书说是指1939年，
钱三强在法国居里实验室工作时约里奥·居里小组再次证实了铀同位素裂变过程能够产生链式反应，这正是原子弹研制中重要的基础实验。有一位法籍苏联人盖兰夫
人暗示钱三强从保险柜中将这些链式反应的实验资料搞到手，并转交给苏联驻法使馆。钱三强拒绝了她的要求。钱三强回国后，于55年就此事向有关领导作了禀报并作了书面说明，以后在文革期间，又在67年和72年两次写了书面说明事实上，他已被不明不白地卷入“里通外国”有“特嫌”的政治旋涡中，成为别有用心的人在政治上打倒他的绝佳材料。
在
文革期间，钱三强挂了黑牌被批斗，关进了“牛棚”，他没有了人身自由，当然他又一次被排除在中国第一颗氢弹试验的现场。不但钱三强本人受到批斗，他的夫人
何泽慧也受到牵连，她在原子能研究所中被勒令不得参加科研工作，要她去打扫实验室和厕所。后来，他们二人一起下放到陕西二机部五七干校“劳动锻炼”了。
（四）文革以后
文革终于结束了，钱三强夫妇也从陕西干校返回北京。自62年
以后，他们不断地受到各种政治运动的冲击和二机部某些领导人策动的批斗，此时已是身心俱灰。回到北京后，他们向有关部门提出，坚决要求将他们调离出二机
部。笔者在九十年代有一次遇到何泽慧先生，她告诉我原子能研究所有不少研究人员（大部分是她的学生）请她回去领导有关中子物理的研究工作。她回答说：“是
不是实验室的厕所没有人打扫？要我回去当清洁工啊？！”钱三强夫妇调到科学院以后，随着文革的影响逐步消退，他们的境遇也逐步有了改善。
