如果说前二次对钱三强的批判还只是局限在二机部的领导干部范围内，到了66年“无产阶级文化大革命”开始，二机部某些领导人认为这次运动是将钱三强在二机部广大群众中彻底批倒、批臭的好机会。
在原子能研究所二道门外，在政治运动期间常矗立着整面贴大字报的木板墙，这是运动发展的一个窗口，所内职工称之为运动的“信号台”。大约在66年7月
份一天清晨，上班职工发现木板墙上贴满了“揪出二机部最大的资产阶级反动学术权威”，“打倒钱三强”的大字报和标语。细看一下，写大字报的大部分是党政干
部或者是研究室的党支部成员，显然，这是二机部某些领导人利用当时的政治运动形势，对钱三强精心组织的又一次政治迫害。这样的大字报当时称之为“抛靶
子”，这些领导人采用这样的做法他们企图达到三方面目的，其一显得二机部的文化大革命搞得轰轰烈烈，他们领导运动有方；其二，群众有了批判和打倒的活靶
子，将斗争的矛头对准钱三强，也就在运动中保护了他们自己；其三，如果这次运动批倒、批臭了钱三强，他们自己在二机部的威信，就会大大的提高。
但
是原子能研究部的职工跟随这些大字报的人并不多，尤其是科技人员跟随的人不多，只有些一般性表态，或揭露一些钱三强的生活琐事。那些批斗钱三强的积极分子
就说：钱三强在那些臭老九（指知识分子）中是臭豆腐干，闻起来臭的，吃起来还是香的。他们接着又散布钱三强不过是一个“过时的科学家，蹩脚的组织家”，想
以此来贬低他在群众中的威信。这使人回想起一件往事，在反右期间，有一位新来的大学生批评钱三强是一位不做研究工作的研究所所长，钱三强在一次会议中说：
“我也不是不能做研究工作，完成几篇论文，但现在国家对原子能事业更需要的是组织工作和规划，这比多写几篇论文，对国家要有用得多。”
