后来戚继光率义乌兵继续与谭纶协同作战，转战江西、福建、广东，屡建奇功。
戚继光看到自己的士兵频频得胜，回想招兵的过程，感概万千，赋诗云：“檄募婺越士，知交芳相留。当日安此盟，唯有谭郡侯（即谭纶）。转眼蔚如云，士气满南州，才罢远方戎，始减征途忧。”诗里表达了谭纶对招募新兵的大力支持感激之情。
浙江太平了，福建又遭倭寇猖獗侵扰。朝廷再调谭纶到福建“熄火”。
在福建，谭纶显示了驾驭将军的能力。
嘉靖四十二年（1563），倭寇两万多人，攻克了福建兴化。敌情势大，明朝调戚继光、俞大猷、刘显三位著名将军率大军齐聚福建，准备进行一场大战役。谁是战场总指挥？就是谭纶。皇帝任谭纶为福建巡抚，实际上就是统驭海陆大军的统帅。谭纶协调有方，巧妙调和了三位猛将的关系，从容部署，“依照三人不同的作战特点分工：戚继光战斗力强，负责正面突破；刘显擅长山地战突袭，负责侧面包抄；俞大猷精通水战，负责断敌后路。”
由于谭纶指挥调度妥当，战斗很顺利，一举收复兴化城。毙敌三千多人，解救被掳百姓两千多人。次年二月，谭纶又与戚继光密切配合，在仙游之战中全歼两万倭寇。至此，福建倭患，全部肃清。
《明史》云谭纶“沉毅知兵”。谭纶不仅善于带兵，亦善于驭将，体现了自己高超综合协调能力和把握全局的能力。此点，是戚继光、俞大猷等名将不及的地方。“谭纶性格稳重，战略眼光卓越，外加作战身先士卒，哪怕再骄横的武将，对这也极佩服。再加之谭纶洞明世事，熟悉人情世故，善于驾驭拿捏武将脾气，因此行军打仗，再难处关系的武将，和他的脾气也能对路，配合十分默契。”
