有的人把这些新兴传染病的出现，怪罪于人类在现代化过程中对自然环境的破坏，才使得原来只感染其他动物的病毒也入侵人类。但是我们也不要忘记，许多自古以来就有的人类传染病也与其他动物息息相关，例如狂犬病毒是通过犬、鼠等动物的啮咬传到人身上的，鼠疫是通过跳蚤的叮咬从鼠类传给人的。其实，在古代社会，人类与野生动物、家禽、家畜的接触要密切得多，从其他动物感染病原体的机会也要比现在多得多，只是由于没有现代生物医学技术，没能给后人留下可靠记录。但是通过现代生物医学技术，我们还是可以推测，为人类所独有的传染病的病原体，最初也是从传染其他动物的病原体演变而来的。例如，麻疹病毒同牛瘟病毒非常相似，这表明在远古时代，牛瘟病毒由牛转移给了人，再进化成了只以人体为宿主的麻疹病毒。天花病毒最早也可能是牛痘病毒进化来的。危害人类的传染病的病原体（病菌和病毒），追根溯源，都是来自于感染其他动物的病原体，是病原体在自然选择的作用下，适应了人体，与人体共同进化的结果。
我们可以把这个进化过程分成三个阶段。在第一个阶段，病源体能从其他动物传染给人，但是并不能在人类中间传播。例如猎人在剥兔皮时有可能感染土拉热杆菌而患上兔热病，此病有时可能致命，但是并不传染。在第二阶段，病原体不仅能从其他动物传给人，也能在人与人之间直接或间接（通过蚊子等）传播，鼠疫、西尼罗病毒都属于这种情形。最后一个阶段，病原体已进化成了只以人体为宿主，而不再侵袭其他动物了。如果萨斯病毒的确来自其他动物的话，那么它正处于进化的第二阶段，将来还有可能通过突变和自然选择而向第三阶段发展。 为何有些对人类致命的病原体却对动物没有多大危害？这是因为这些病原体在与动物的长期共同进化中，在自然选择的作用下，病原体的毒性逐渐减弱，而动物对这些病原体的免疫抵抗能力也逐渐增强，已达成某种平衡。而人类以前没有感染过这些病原体，还没有形成这样的平衡。
