事情也在起变化，1999年10月，中央十五届四中全会通过了《关于国有企业改革和发展问题的决议》，提出国有企业在改革中要有进有退，有所为有所不为，而未提国退民进、产权明晰化的说法。2004年，郎咸平提出反对MBO（Management Buy Out，即管理层收购），挑起国企改革争论，“郎顾之争”让经历过改制的企业家们闻风丧胆。
不过从前面交代中不难看出，褚健现在被揪住这个问题，只能说是“意外收获”，并非举报者的本意。除了褚健的管理团队，当年被浙大要求按同一份文件、同一个价格改制的，还有现在的浙大网新的赵建，而赵建并没有出事。褚健案震动最大的，不仅是经历过改制的企业家，还有科研人员。汪楢生院士就曾问：“我非常关心褚健案。一个知名大学的副校长，一个有成就的学者，这样不明不白地抓了快两年，不审也不判，到底是什么说法？”
被夸大的使命
褚健是工业自动化领域最有成就的科学家之一，而且难能可贵同时是一位成功的企业家，他被拘对国家的科研损失是巨大的。褚健创办的中控起先做的是DCS（分布式控制系统）产品，国防武器装备、石油石化、核电、电网、高铁、三峡大坝等等，很多重要设施都要依靠这种“工业大脑”指挥运转。中控的出现，打破了当时国内的DCS系统被国外品牌垄断的状况，国外品牌的价格只剩最初的1/3。因其重要性，中控被商务部列为禁止被外资收购的公司。
褚健还牵头完成了高速工业控制网络EPA技术，这是中国自动化领域第一个国际标准，后来也被纳入制造业大国德国的国家标准。
