但随着捐款数额的与日俱增，像小刘一样迫切希望得知捐款具体用途、去向的民众也越来越多，中国红十字会等组织机构在成为善款流向中心的同时，也成为舆论漩涡的中心。
位列国内三大门户网站之一的“网易”与红十字会的冲突首当其冲。汶川地震后，中国红十字会总会于5月13日向网易发去一封“关于诚请播发中国红十字会地震呼吁的函”。网易方面在接函后随即启动“网易在线捐赠系统”。网易公司认为：“这在方便网友捐赠的同时，对网友捐款总数进行明确记录，会起到全程监控作用。”而红十字会则希望网友直接将善款打入红会账号，其工作人员提出的理由是“如果钱进的不是红十字会总会账号，审计部门将无法监督”。
2008年5月14日22时，网易宣布停止与“中国红十字会总会”的宣传合作；两天以后，其首席运营官董瑞豹将首批11.818位网友成功在线捐赠的1.142.740元善款亲自交到中国红十字会总会副会长郭长江手中。董瑞豹与郭长江在镜头前热情握手；这是开始，也是休止。
当然，网友的在线捐款并未休止，而是从14日22点开始流入廖冰兄人文基金管委会。
中国红十字会总会一方面向媒体表示“从未与网易合作网上募捐，发布呼吁书只属于一种信息发布，并不是网上募捐的授权。凡以中国红十字会总会名义和其它账号开展的网上募捐活动，均属非法行为，总会对此将保留进一步追究其法律责任的权利”，另一方面则为网易公司送来的善款出具发票，并在打印出来的网友名单上逐一加盖公章，并声称将特地为网易网友制作一块铜牌，大力表彰爱心行为。
