1975年3月25日，中共中央、中央军委却做出决定：撤销新疆生产建设兵团及各师建制，所属企事业单位全部移交地方管理。
1975年8月自治区革委会却对“东突厥斯坦人民革命党”分裂集团案处理重新做了认定：除在暴乱中被击毙和做其他处理的要犯387人外，其余1165人均不定为该党成员，而以犯有政治错误作为结论；对部分罪恶轻、认罪服法的服刑人员也分别做了减刑或提前释放处理。
撤销新疆生产建设兵团使中央失去了一支最有效的震慑“疆独”的力量，几乎释放了全部民族分裂分子更是使新中国成立以来反“疆独”斗争的成果丧失殆尽。在当时的政治形势下，“疆独”分子不可能掀起大的分裂活动，但是一旦政治情势发生变化，大的分裂活动就很难避免了。
1981年12月3日，中共中央做出《关于恢复新疆生产建设兵团的决定》，但是，新疆生产建设兵团元气已大伤，损失无法挽回，时到今日，新疆生产建设兵团与新疆地方在经济发展等方面的差距越来越大。
据统计，新疆伊斯兰教清真寺由1979年的2000多座发展到现在的2.43万座(主要是上世纪80年代的迅猛增长)，教职人员由3000多人增加到2.8万多人。新疆穆斯林平均500多人拥有一座清真寺，而中东平均1200人，伊朗约1.1万人，埃及约为2500人。新疆初等教育学校及大中专院校近5000余所，新疆清真寺的数量是学校的5.3倍。新疆有2371个行政村，平均每个村拥有4座清真寺【注】。特别是极端宗教思潮进入新疆对信教人士影响较大，不少人利用合法身份借宗教活动宣传和鼓动分裂思想，尤其是这几年，在国内外环境共同作用下，极端原教旨主义在新疆出现了一定程度的恶性发展。一些穆斯林连伊斯兰教最基本的“五功(念功、礼功、斋功、课功、朝功)”和“六信(信安拉、信先知、信经典、信天使、信末日、信前定)”的教义都不知道，更不知晓伊斯兰教的教规，只知道“自己是穆斯林，和汉人不一样”。
