直皖战争后，直奉之间在地盘和权力的分配上，矛盾日益尖锐，导致1922年4月爆发首次直奉战争。双方在北京附近开战，结果奉军战败，退出关外。直系控制北京政权后，仍采用消灭异己势力，推行武力统一的政策。先打起“恢复法统”的旗号，驱逐徐世昌，扶出黎元洪复任总统。继而策动广东的陈炯明发动军事政变，驱逐孙中山出广东。同时向外地伸张势力，派杨森督川，孙传芳督闽，沈鸿英督粤。1923年吴佩孚制造了屠杀京汉工人的
“二七”惨案
。6月曹锟在京驱逐黎元洪，10月经贿选窃踞总统职位。直系由此而声名狼藉，财政经济状况也日趋恶化。
1924年第一次国共合作，国民革命兴起，
孙中山
同奉系和皖系势力的反直系“三角同盟”发挥一定的作用。直系内部四分五裂，直系第三军总司令冯玉祥酝酿推倒曹锟统治，并同奉军秘密联结。9月第二次直奉战争爆发。双方在山海关、热河激战。10月冯玉祥发动“北京政变”，囚禁曹锟。吴佩孚腹背受敌，主力被歼灭，率残部仓皇南逃。11月3日，战争结束。冯玉祥将所部改称国民军，并电邀孙中山北上共商国事。但奉系扶持段祺瑞出台主政。1925年3月孙中山逝世后，北京政权实际上被奉系首领张作霖控制。
原属直系的浙江督军孙传芳，为抵制奉系控制长江下游，1925年10月和省长夏超、闽督周荫人发出反奉通电，并组织浙、闽、苏、皖、赣五省联军，自任总司令，派兵进攻上海，沿沪宁路击溃奉军，占领南京、徐州，从此以东南五省首领自居。吴佩孚乘孙传芳反奉机会，到汉口自称苏、浙、鄂、赣、川等十四省讨贼联军总司令，委任萧耀南为鄂军总司令，重新纠集直系势力。至1926年6月北伐战争前夕，吴佩孚拥有兵力约二十万人，占据湖南、湖北、河南和陕西东部、河北南部，控制着京汉铁路。孙传芳拥有兵力约二十万人，占据着江苏、安徽、浙江、福建、江西等省。国民革命军北伐后，在工农革命运动支援下，先在湖南、湖北消灭吴佩孚的主力，接着在江西、福建击溃孙传芳军队。不久，直系军队的残部也分别被消灭。
