几天之后，有一名叫朱瑛的义士聚集逃跑于周遭的民众共两千多人，重新回到嘉定，并处死归降清军的汉奸和清军委派的官吏，在葛隆一带还设伏消灭了李成栋的一支小分队。气恼至极的李成栋忙率军回攻嘉定，并在路上把葛隆和外冈两个镇子的居民全部杀光。被民众赶走的清军委派的县令浦嶂为虎作伥，又领着李成栋军士直杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个精光，积尸成丘，然后放火焚尸。浦嶂不仅把昔日几个朋友娄复文等人整家杀尽，还向李成栋进言：“若不剿绝，必留后患！”清军杀得兴起，嘉定又惨遭“二屠”。
二十多天后，原来南明的一个名叫吴之番的将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，竟在忽然之间杀得城内清兵大溃出逃。不久，李成栋整军反扑，吴之番所率兵民大多未经过作战训练，很快就溃不成军，吴将军自己也提枪赴阵而死。李成栋军第三次攻城，不仅把吴将军数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠，是为“嘉定三屠”。
经过如此残酷的“三屠”，江南大部分地区远近始剃发，称大清顺民。可见，血海肉山终于使反抗的烈焰渐趋熄灭。李成栋也因此“赫赫”功劳，被提拔为江南巡抚。不久，清廷又把他调往东南，派他去平灭南明的另一个皇帝隆武帝。
