多铎忙派八万清军回师江南，并以李成栋这样的明朝降将为主力，进攻义军占领的城市，仅在昆山和江阴就杀害了十多万起义的居民。
昆山本来局势平静，剃发令下，“人心方骇”，民众争起，杀掉清军委任的阁丞茂才，烧掉县衙，并把巡抚官署也一把大火烧为平地。清军李延龄受李成栋指派，以铁骑围城，先杀义民数千，而后，清军入城，开始屠城，大杀三天，方下令“封刀”。“是两日天气晴明，而风色惨淡，空中无一飞鸟，暮皆大雨，震雷轰烈……初八日，王师（清军）拘掠千艘，载虏获西去。约计城中男妇踰垣得出者，十无一二。巧掩得全者，百无一二。骤遇炎雨，尸皆变色……其死亡状，有倚门、卧床、投阁、扳槛、反缚、攒捆、压木柱、斩首、斫颈、裂肩、断腰、剜肠、陷胸、肢解、寸磔种种之异，以至悬梁挂树，到处皆是；井坎池潭，所在皆满，呜呼惨矣！”（《鹿樵纪闻》吴伟业）如此惨状，1937年南京倭寇屠城又扩大数十倍而重演。
李成栋明将出身，善用大炮攻城。屠掠昆山后，他又率清军拥数十门巨炮，进攻江阴城。一时间炮声震天，江阴城墙塌落多处。在此之前，江阴军民先上演一出真假“空城计”，大开城门，诱清军入城，夜中时分伏兵四起，斩清军大将一名以及早已降清的明将许定国（杀高杰那位）。李成栋军猛攻六天，才把江阴城攻克。“王师（清军）乘烟雾混杂时，逾入屠之……丁壮在城者，战死已十六七，空壁而已。”江阴城虽不大，抵抗最力，最后阖城遇屠，情状惨烈！
