日本刚刚占领琉球时，为扑灭琉球人的国家意识和独立风潮，使用了各种软硬兼施的方法，强行推行“日本化”。虽然经过日本七十年的“皇民化改造”，但是数百年积累下来的汉文化影响依然根深蒂固。琉球人使用自己的语言，更有自己独特的历史，采用的是中国的农历年号，节日喜庆也与中华文化大同小异。
1945年，冲绳岛战役爆发。在美军猛烈攻击和日军顽强抵抗下，冲绳岛平民死伤惨重，根据不同估计，人口减少约十分之一至三分之一。有历史学者认为日军曾强迫或诱使冲绳平民集体自杀，但这种说法日方否认亦没有收编入教科书内，引起争议，这也是导致部份冲绳人对日本产生抗拒的原因。战后美国曾一度鼓励琉球人的独立意识，此时的琉球独立运动宣导者希望在美国托管之后成立独立的琉球国。这些人曾把美军称为“解放军”。但美军的粗暴统治以及对已琉球左翼政党的打压，很快让琉球人寄予美国人的希望破灭，而琉球人反对美国统治的情绪愈演愈烈。
美国将琉球（冲绳）移交日本后，美军在冲绳岛依然拥有大量的军事基地，美军军纪松弛，与当地居民的冲突时有发生，发生过多起强奸当地民女的恶性事件。1995年冲绳县一名十二岁少女被美军强奸，触发反对美军基地运动，琉球独立论也再次被提出。9月8日琉球人对“美军基地存废”进行公投，琉球调频广播电台“沟通”就“琉球是否独立”展开民意调查，琉球独立的呼声又掀起了新的高潮。公投结果显示：人们一致投票决定不接受美军基地，更不接受日本政府“代做的决定”。这使日本高层一度如热锅蚂蚁，最后又是给予琉球巨额财政拨款，又是像对外国元首一样郑重接见冲绳县知事，并一再道歉，连哄带骗才蒙混过关。1996年底，冲绳美军使用放射性核子枪弹头练习射击，给琉球造成核污染。
