1999年8月，热比娅被捕。2000年以“向境外组织非法提供国家情报”罪名被判8年徒刑，2004年获得减刑一年。
据海外媒体报道称，当时她正设法会见在中国进行正式访问的美国国会工作人员，想要跟他们讨论新疆的人权问题，并设法营救维族政治犯。
当地人也绘声绘色地向记者描述了当时的情况：据说，当时热比娅要与一些人接头，有关部门跟踪了很久，热比娅几经周折却始终没有和对方碰面，最后有关部门决定不再等待，实施抓捕，结果在她身上发现了以她的身份不应该看到的文件。
释放热比娅是政治交易？
2005年3月，刑期未满的热比娅保外就医来到美国。据报道，热比娅在到达美国后举行的公开演讲中说，在赴美前两天她甚至还不知道自己“即将获释”。她在那次演讲中对美国政府和每个营救她的美国人表示感谢。
"热比娅获释前不久，美国政府宣布今年将不在日内瓦联合国人权委员会大会提案谴责中国违反人权。有海外反华势力就此认为这是中美两国政府所做的政治交易。对此，白宫发言人麦克莱伦说：“对于热比娅的获释，我们表示欢迎，中国在此方面已有一些进展，但我们仍关切中国的人权情况。” 在8月25日的新闻发布会上，王乐泉表示，热比娅遥控自己在新疆的几个孩子，准备把财产变现转移到国外，解决她的几个孩子在国外定居的手续。她这个举动引起了新疆当局的高度警惕，因为她在境内欠了近五千万债务，因此马上动手对她在境内的资产进行清理。 日前，美国媒体报道称，热比娅已经公开否认自己参与策划对新疆的恐怖袭击，并称她的子女和亲属以及公司财务已经受到调查。" 9月，记者来到位于乌鲁木齐二道桥商业区附近的“热比娅商贸大厦”。这栋占地13000平方米、高8层，内设800个摊位的建筑是由热比娅在1992年投资2000万改建的，时至今日，与周边的建筑相比仍颇有规模。
