据警方有关人士透露，邪教组织内部有专人负责对新入教的人员进行洗脑，并不断地强化。通常这类人都受过心理学方面的专业培训。一般情况下，“洗脑”分三个部分，一是信，二是惧，三是控。首先他们利用人们对人类起源的好奇心理，使不少信仰迷茫的人开始陷入思考怪圈，并一步步从迷惑引入初信；然后，充分利用人们对灾祸的恐惧心理，反复地用地震、海啸、洪灾、非典、瘟疫、空难、生存环境恶化等自然的、社会的灾害来证明，这些是神对人的惩罚，满足了人们袪祸免灾的信仰心理。
完成了信和惧两步“洗脑”过程，要达到精神控制，还要采取更多的手段。初入教会，除了缴纳会费，还有一个重要的环节是发毒咒写“起誓书”。平时一起吃住聚会，除了每星期拉人头任务的上下督促之外，还有一整套处罚制度等，最终通过不断的灌输、刺激和强化，达到精神控制的目的。其所谓“传福音”的方式也类似于传销中的金字塔模式，因此，“全能神”邪教组织发展极快。
警方有关人士说，被抓获的许多涉案人员都经过被“洗脑”，在对涉案人员的审理过程中，尤其是那些邪教组织骨干分子，几乎说一样的话，不管问什么回答基本一致，就像一个培训班里出来的人一样，拒不交代参与邪教组织的有关事实，这给警方审理处置案件带来了很大的阻力。目前，警方正和司法机关等有关部门及心理学方面的专业人员通力合作，尝试通过心理疏导、思想教育等冷处理方式打开突破口。
