1998年，国务院决定在全国推开改革。与之同时，取消公费医疗成为趋势。不过，考虑到国家部署机构、军工企业多等不同于其他城市的特殊性，南京于2001年才开始试点，同时执行“双轨制”，以求稳定过渡。
在杨卫泽执政南京后，作为扭转与苏锡常传统苏南经济体差距的重要方法之一，这一改革得以加速。
“这主要是十多年来在职工医疗保险、城镇居民医疗保险、新型农村合作医疗和困难救助的基本医疗制度的逐渐完善。”南京市人社局副局长陈建宁表示。
截至2012年11月，南京基本医疗保险已覆盖333万人群。不过，南京有人口约800万。本次取消公费医疗制度后，南京约有20万机关事业单位人员（主要集中在市直机关和8个主城区）进入职工医保体系，他们将和现有职工一样，实现统一的制度政策、参保缴费、待遇标准、办理流程，并在未来看病中享受“同样的”医疗服务。
实际上，取消公费医疗是一个趋势。至2011年底，全国已有24个省市取消了这项福利，将公务员纳入到职工医保体系。据悉，山东省已于11月底布置了此项改革。
“副厅”以上未纳入
“制度框架渐渐形成、政策规定不断完善、参保人数增加、基金收支略有盈余、保障水平提高、管理能力加强，是当下中国医保制度的特点。”江苏省卫生厅一位负责人曾向本报记者介绍。陈建宁在回答记者提问时也着重强调，测算下来，这次取消市级公费医疗不会影响到现有职工保险人群的利益。
